Traditionsgemäß hat das geistliche Leben in einem evangelischen Damenstift seinen festen Platz. Im Kloster Isenhagen nehmen alle Konventualinnen an den Wochenschlussandachten und dem sonntäglichen Gottesdienst teil, der vom Konvent in Kirchentracht besucht und von eigenen, auf dem Nonnenchor gelegenen Plätzen aus verfolgt wird. In Anlehnung an die mittelalterlichen Stundengebete hält die klösterliche Gemeinschaft das tägliche Mittagsgebet nach der im Gesangbuch vorgegebenen Ordnung.