Der Kunstbesitz des Klosters Isenhagen war und ist Teil der Wohn- und Sakralräume. Viele Kunstwerke finden sich noch an ihrem angestammten Platz. Sie zeugen von der jahrhundertealten Geschichte des Klosters und seiner Bewohnerinnen.

Die wertvollsten Werke werden in den Ausstellungsräumen des Museums gezeigt. Nach zweijähriger Bauzeit ist das Museum seit April 2009 in neuer Gestaltung wieder für Besucher zugänglich. Die kostbaren Textilien, wertvollen Goldschmiedearbeiten und seltenen Bücher werden in den barocken Räumlichkeiten der Klosteranlage präsentiert.